大学建校初期制作了旗式校徽,在1956年的大学建校10周年之际,新编了以草写的《金日成综合大学》为题的大学生校徽图案。
后来, 大学生们在1972年迎接伟大领袖的诞辰60周年之际,戴上了以红旗为背景的映出伟大领袖的画像(侧面)的在其下方写有《金日成综合大学》的大学生校徽;从1992年2月16日起,戴上了映出伟大领袖的画像(正面)的并写有《金日成综合大学》的金日成综合大学学生校徽;从1996年起又戴上了草写大学名称的校徽。
2012年4月26日,制定了映出两位领袖太阳像的校徽。
金日成综合大学大学生校徽上画有以红旗为背景升起的金黄色太阳,并在其中心郑重地映出了伟大领袖金日成同志和伟大领导者金正日同志的太阳像,并在其下方写着伟大将军亲笔题词的大学名称。
校徽凝聚着敬爱的金正恩同志希望金日成综合大学一如既往地、永远加强和发展成为以对党和领袖的忠诚为第一生命的两位伟大领袖的大学、党的大学的莫大信任和关怀。