김일성종합대학은 베이징대학(중국)을 비롯하여 세계 많은 나라의 대학들과 자매관계를 맺고 학술교류를 진행하고있다.
김일성종합대학과 지난 시기에 자매관계를 맺었거나 현재 맺고있는 대학들은 다음과 같다.
아시아
베이징대학(중국)
연변대학(중국)
남경대학(중국)
길림대학(중국)
할빈공업대학(중국)
료녕대학(중국)
청도과학기술대학(중국)
인민대학(중국)
복단대학(중국)
상해대학(중국)
호남사범대학(중국)
천진대학(중국)
디마스끄종합대학(수리아)
하노이국립종합대학(윁남)
몽골국립종합대학(몽골)
인도네시아국립종합대학(인도네시아)
유럽
모스크바국립종합대학(로씨야)
원동련방종합대학(로씨야)
노보씨비르쓰크국립종합대학(로씨야)
싸할린국립종합대학(로씨야)
원동국립수산기술종합대학(로씨야)
티라나종합대학(알바니아)
베를린훔볼트종합대학(도이췰란드)
베를린자유종합대학(도이췰란드)
쏘피아종합대학(벌가리아)
동방언어 및 문화국립대학(프랑스)
베오그라드종합대학(유고슬라비아(당시))
꼬멘스끼종합대학(체스꼬슬로벤스꼬(당시))
까렐종합대학(체스꼬슬로벤스꼬(당시))
아메리카
아바나종합대학(꾸바)
싼마르꼬스종합대학(뻬루)
빠나마종합대학(빠나마)
온두라스국가자치종합대학(온두라스)
싼또도밍고자치종합대학(도미니까)
아프리카
까히라종합대학(에짚트)
소말리아국립종합대학(소말리아)
알좌자이르제1종합대학(알제리)