김일성종합대학에서의 과학연구사업은 사회주의강국건설에서 나서는 리론실천적, 과학기술적문제들을 원만히 해결하며 기초과학부문을 발전시키고 첨단과학기술분야를 개척하는데 중심을 두고 진행되고있다.
사회과학부문에서는 위대한 수령 김일성동지와 위대한 령도자 김정일동지의 불멸의 혁명력사와 혁명업적을 길이 빛내이며 김일성-김정일주의와 조선로동당의 로선과 정책의 독창성과 진리성, 정당성과 생활력을 깊이있게 해설론증하고 널리 선전하는 도서들과 소론문을 집필출판하는데 주되는 힘을 넣고있다. 이밖에 경제, 재정, 력사, 철학, 법학, 어학, 문학부문의 학술적문제들과 실천적문제들을 해결하는데서도 대학의 교원, 연구사들이 중요한 역할을 하고있으며 많은 문학작품들도 창작하고있다.
자연과학부문에서는 식량문제, 에네르기문제를 비롯하여 인민경제발전과 인민생활향상에서 절박하게 나서는 과학기술적문제들을 푸는데 적극 이바지하고있으며 기초과학과 첨단과학기술부문에서 세계적인 경쟁력을 가진 연구성과들이 이룩되고있다. 첨단기술개발원이 첨단기술과 제품의 개발에서 큰 몫을 맡고있으며 자연과학부문 학부들의 우수한 교원, 연구사들이 경쟁적으로 첨단돌파의 열풍을 일으키고있다.
사회과학연구원과 자연과학연구원에서 전도양양한 학자들이 첨단연구목표들을 내세우고 그를 달성하기 위해 헌신하는 과정에 세계적인 학자로 성장하고있다.
김일성종합대학 교원, 연구사들의 연구결과는 국제학술잡지들에 적극적으로 발표되고있으며 여러 국제학술토론회들에서도 참가자들의 관심을 불러일으키고있다.