자연과학연구원의 기본사명은 자연과학부문, 첨단과학기술분야에서 주도적이며 핵심적인 역할을 할수 있는 세계적수준의 학자들을 키워내는 박사원이후의 과학연구 및 인재양성기지로서 조국과 인민에게 무한히 충실하고 세계적수준의 과학연구사업을 담당수행할수 있는 해박한 지식을 소유한 인재들을 키워내는것이다.
전공분야에서 첨단을 돌파하고 경계과학을 비롯한 새 학문분야를 개척하며 세계적수준의 연구과제수행에서 주도적이며 핵심적인 역할을 할수 있는 인재들을 양성한다.
해박한 지식과 연구능력을 소유한 15~20명의 전도유망한 교원, 연구사들로 구성되여있다.
자연과학연구원에는 외국어와 콤퓨터활용능력이 높고 과학리론적자질과 능력이 있는 45살미만의 박사학위소유자들을 엄선하여 입적시킨다.
자연과학연구원 연구사의 양성기간은 3~5년이다.
2001년 3월부터 현재까지 수십명의 세계과학계가 인정하는 학자들을 양성하였다.
