대학창립초기에 기발형식의 휘장이 나왔다가 1956년 대학창립 10돐을 맞으며 《김일성종합대학》이라고 흘려쓴 대학생휘장도안이 새로 작성되였다.
그후 대학생들은 1972년 위대한 수령님의 탄생 60돐을 맞으며 붉은기바탕에 수령님의 영상(측면)을 모시고 그 밑에 《김일성종합대학》이라고 새겨진 대학생휘장을, 1992년 2월 16일부터는 위대한 수령님의 영상(정면)이 모셔지고 《김일성종합대학》이라고 씌여진 김일성종합대학학생휘장을, 1996년부터는 또다시 흘려쓴 대학명칭을 새긴 휘장을 달고다니였다.
위대한 수령님들의 태양상을 모신 지금의 대학생휘장은 2012년 4월 26일에 제정되였다.
김일성종합대학 대학생휘장은 붉은기바탕에 노란색으로 솟아오르는 태양을 형상하고 그 중심에 위대한 수령 김일성동지와 위대한 령도자 김정일동지의 태양상을 정중히 모시였으며 그 아래에 위대한 장군님의 친필로 된 대학명칭을 새기였다.
휘장에는 김일성종합대학이 앞으로도 영원히 당과 수령에 대한 충실성을 제일생명으로 하는 위대한 수령님들의 대학으로, 당의 대학으로 더욱 강화발전될것을 바라시는 경애하는 김정은동지의 크나큰 믿음과 뜨거운 사랑이 담겨져있다.